La iglesia de San Francisco es la antigua Iglesia del convento situada junto a la Alameda de la Cruz, recibió el nombre habitual de todos los de la orden: Convento de Nuestra Señora de la Victoria.
Tradicionalmente se suele citar 1550 como el año del establecimiento de los frailes mínimos en Alcalá de los Gazules, si bien en la “Crónica General de la Orden de los Mínimos de S. Francisco de Paula” escrita por Fray Lucas Montoya se atribuye la fundación del convento alcalaíno a Fernando Enríquez de Ribera, II Duque de Alcalá, quien consignó anualmente 100 fanegas de trigo para el sustento del convento. Sin embargo, este personaje ostentó el titulo de duque de Alcalá entre 1571 y 1591. Con todo, Fray Lucas Montoya debió confundir los datos pues hoy sabemos que el origen del asentamiento de la orden en Alcalá radica en el testamento del beneficiado Alonso Cárdeno, quien en su testamento de 7 de septiembre de 1585 deja sus bienes para que se “haga un convento de frailes vitorios” en la ermita de la Consolación, extramuros de la población en la zona del barrio de San Antonio. Tras varias reuniones, finalmente el obispo de Cádiz firma el 22 de marzo de 1586 el decreto de cesión de la ermita a los frailes mínimos, siendo por tanto ésta la fecha de su fundación.
Pero desde su asentamiento en Alcalá, los frailes trabajan para fundar un nuevo convento, al que no se trasladarán oficialmente hasta el 22 de agosto de 1682 a las 4 de la tarde llevándose en procesión todas las imágenes, exceptuando una talla de San Antonio (hoy en la Parroquia). Este es el motivo por el que a partir de entonces a la zona del antiguo convento, que había adoptado el título de la consolación por estar sobre la antigua ermita, empezó a conocerse como de la Victoria vieja y posteriormente como barrio de San Antonio. El nuevo convento, situado junto a la Alameda de la Cruz, recibió el nombre habitual de todos los de la orden: Convento de Nuestra Señora de la Victoria.
La iglesia tiene planta de cruz latina de una sola nave con pilastras corintias, con una capilla a ambos lados junto al crucero. Tiene bóveda de cañón sobre lunetos y sobre el crucero se levanta una cúpula semiesférica sobre pechinas con yeserías. Tiene además decoración al fresco a base de elementos vegetales.
El altar mayor fue construido en 1797 por Sebastián de Aguilar y Castañeda, de corte neoclásico en madera jaspeada, si bien tanto el camarín como la Virgen de la Victoria, son anteriores, fechadas entre 1730 y 1750. La talla de la Virgen, que se relaciona con la producción del escultor jerezano Francisco Camacho de Mendoza, presentaba un mecanismo que la hacía girar para mostrar un gran sol dorado que servía de manifestador.
En la pequeña nave del crucero, en el lado del evangelio existe un retablo rococó presidido por talla de San Francisco de Paula, también del círculo de Camacho de Mendoza.
Encima de la puerta de la sacristía se encuentra un cuadro de grandes dimensiones con la escena de la Piscina probática, relacionándose con el estilo de Matías de Arteaga.
En el lado de la epístola, dentro de la capilla del Sagrario se hallan dos retablos pertenecientes a la cofradía del Nazareno. El del Cristo, de madera sobredorada, es obra del retablista jerezano Andrés Benítez, quien lo realizó en torno a 1750. Procede de la desaparecida iglesia de la Soledad, en la misma plaza y alberga una talla de Jesús Nazareno obra de atribución segura al escultor José Montes de Oca, realizada en torno a 1730. El de la Virgen, obra de mediados del XVIII procede del desaparecido convento de Santo Domingo, aunque presenta grandes reformas. La talla de la Virgen de los Dolores es obra anónima neoclásica de las primeras décadas del siglo XIX.
Existe además una capilla en la nave central, en el lado del evangelio, con un retablo dedicado al patriarca San José, imagen de tamaño académico que recuerda las formas de Jacome Vaccaro. Frente a esta capilla, en el lado de la epístola, existe otra capilla donde se conservan varias imágenes, donde destaca una talla de Santa Ángela de la Cruz, realizada en 2011 por el imaginero sevillano Manuel Ramos Corona.
Junto a esta capilla se halla un crucificado de escuela sevillana, datable a finales del siglo XVI o principios del XVII. A los pies de la nave, junto a la puerta de entrada se halla una talla de Jesús Cautivo (Medinaceli) perteneciente a la Cofradía del Nazareno, que fue tallada por el joven imaginero de Mairena del Alcor Manuel Madroñal Isorna en 2005.
Junto a la iglesia se conservan las dependencias conventuales en torno a un patio central con corredor porticado. Hoy sirven de salones parroquiales y aquí se conserva el Archivo Parroquial.
El convento cerró definitivamente con la desamortización de 1836, reabriéndose posteriormente la iglesia como auxiliar de la Parroquia. En torno a 1884 volvió a cerrarse debido a su estado de ruina, no reabriéndose al culto hasta el 1 de enero de 1912, tras su restauración, momento en que pasó a denominarse como Iglesia de San Francisco de Paula, aunque popularmente siga conociéndose como La Victoria.