En el siglo XVI se creó como hospital de S. Sebastián unido a una ermita y en 1596 todos los hospitales de Arcos quedaban refundidos en él.
El Convento Hospital de San Juan de Dios posee un armonioso patio de columnas con una rica escalera barroca.
Del interior de la iglesia destacan: el retablo mayor de pino de Flandes sin dorar, barroco de 1735, la imagen del Cristo de la Vera-Cruz labrada por Antón Vázquez en 1545, de reminiscencias góticas y la imagen de Nuestra Señora de la Angustia, talla de bulto redondo que figuró en la exposición Iberoamericana de Sevilla en 1929.