La Iglesia de San Francisco fue construida a finales del siglo XIX por la Marina ante la necesidad de tener parroquia propia, reformándose en 1966.
El exterior de extrema austeridad, contrasta con la riqueza y proporciones del interior. Consta de planta de cruz latina con cúpula en el crucero y cubierta abovedada. Construida para el hospicio de los Padres Franciscanos.
La Iglesia de San Francisco acoge lo mejor de la pintura de San Fernando. Posee, entre otros, un cuadro del Milagro de la Porciúncula, atribuido a Carreño de Miranda y tres cuadros de Mariano Salvador Maella, pintor de cámara del rey Carlos IV de España. También posee un rico patrimonio en esculturas, como una pequeña Santa Bárbara transformada en Inmaculada que ha sido restaurada y devuelta al culto en su concepción original o la imagen de la Inmaculada Concepción, procedente del Arsenal de La Habana y que trajeron tras el desastre del 98, a la que llaman La Repatriada.
Fuente: Turismo San Fernando